Okulun önce başka bir yere taşınıp sonra da binalarının yıkılmasının ardından mevcut alana ne yapılacağı ile ilgili yeni bir süreç başladı. İl Milli Eğitim Müdürlüğü tarafından alana 24 ve 32 derslikli iki okul yapılaması için proje hazırlandı. Ancak daha sonra Büyükşehir Belediye Meclisi imar planı değişikliğiyle okul alanını 'Kent Parkı'na dönüştürdü. İki kurum ve okul aile birliği arasında fikir ayrılığı yaşanınca konu yeniden yargıya taşındı.
Samsun İl Müftülüğü, Atakum İlçesi'nin sahil kesiminde 30 dönüm üzerine kurulu 2 bin 700 metrekare kapalı alana sahip Samsun Tarım Anadolu Meslek ve Tarım Meslek Lisesi'nin bulunduğu yere 10 bin kişilik cami yapılması için 4.5 yıl önce çalışma başlattı. Müftülük, Türkiye'de sadece 6 tane olan 48 yıllık okulun bulunduğu arsaya cami yapılması isteğiyle Valiliğe başvurdu. İl Milli Eğitim Müdürlüğü ise bakanlığa yazı yazarak görüş istedi. Bakanlıktan gelen olumlu yanıt üzerine, 12 Temmuz 2013'te Büyükşehir Belediye Meclisi'nde yapılan nazım imar planı değişikliğiyle okul alanı kullanımı, cami yapımı için 'dini tesis' alanına çevrildi. Alan, Milli Eğitim Bakanlığı'ndan Milli Emlak Genel Müdürlüğü'ne, ardından da Diyanet İşleri Başkanlığı'na devredildi.
Okul Aile Birliği, 30 Ağustos 2013 tarihinde imar plan değişikliğinin iptali için Samsun 1'inci İdare Mahkemesi'ne başvurdu. Mahkeme, yürütmeyi durdurma istemini reddetti. Okul Aile Birliği ardından ret kararının iptali istemiyle Samsun Bölge İdare Mahkemesi’ne başvurdu. Dava süreci devam ederken, okul 2014-15 eğitim döneminde kullanılmayan Gelemen Yatılı Bölge Ortaokulu binasına taşındı. Adı da 'Gelemen Mesleki Eğitim ve Teknik Anadolu Lisesi' olarak değiştirildi. Bunun üzerine öğrenci velileri tarafından taşınma işleminin iptali için de Samsun İdare Mahkemesi’ne ikinci bir dava açıldı.
İlk olarak imar planı değişikliğinin iptali için açılan davada Okul Aile Birliği lehine karar çıktı. Samsun Bölge İdare Mahkemesi 21 Ekim 2014'te aldığı kararla 1'inci İdare Mahkemesi'nin kararını kaldırarak, imar planı değişikliği işleminin yürütmesinin durdurulmasına karar verdi. Mahkeme kararı sonrasında Büyükşehir Belediye Meclisi’nin Şubat 2015’teki toplantısında okul alanı kullanımının, cami yapımı için 'dini tesis alanı' kullanımına dönüştürülmesini içeren imar planı değişikliği oy birliği iptal edildi. Bunun üzerine de okulun eski yerine taşınması için öğrenci velileri de Samsun Valiliği’ne 300 dilekçeyle başvurdu.
Okulun taşınma işleminin iptali için Samsun 2’nci İdare Mahkemesi’ne açılan dava da 30 Kasım 2015’te sonuçlandı. Mahkeme taşınma işleminin iptaline karar verdi. Samsun İl Milli Eğitim Müdürlüğü tarafından 29 Şubat 2016'da Tekkeköy ile Atakum Kaymakamlıkları ve İlçe Milli Eğitim Müdürlüklerine Valilik oluru ile birlikte gönderilen yazıda Gelemen Mesleki Eğitim ve Teknik Anadolu Lisesi'nin Atakum İlçesi'ndeki eski binasına taşınması kararı bildirildi. Ancak 2016- 2017 eğitim öğretim döneminin başlamasına rağmen okul eski binasına taşınmadı ve İl Milli Eğitim Müdürlüğü'nün kararıyla bina yıkıldı.
Mevcut okul alanına 24 ve 32 derslikli 2 yeni okul yapılacağı bunun içinde mevcut binaların yıkıldığı ifade edildi. Fakat Samsun Büyükşehir Belediyesi Meclisi geçen Şubat ayı birleşiminde Tarım Anadolu Meslek ve Tarım Meslek Lisesi arazisinin imar planında eğitim alanından 'Kent Parkı' alanına çevrilmesine karar verdi.
Alınan bu son karara Samsun İl Milli Eğitim Müdürlüğü itiraz etti. Yapılan imar planı değişikliği için iki defa sunulan itiraz Büyükşehir Belediye Meclisi'nde ret oldu. Bunun üzerine Okul Aile Birliği Başkanı Hatice Kaya tarafından yapılan son imar planı değişikliğinin iptali talebiyle Samsun 1'inci İdare Mahkemesi'ne dava açıldı. İl Milli Eğitim Müdürlüğü de okul aile birliğinin yanında davaya müdahil oldu. 4.5 yıl önce cami yapılması talebiyle başlayan süreç sonunda gelinen noktada ise konu adeta bilmeceye döndü. Söz konusu alana ne yapılacağı ile ilgili kurumlar arasında da fikir ayrılığı yaşanınca yeni bir hukuki süreç daha başlamış oldu.
Atakum Kent Konseyi Başkanı Murat Erkan, mevcut alana yeni bir bina kütlesi yapılmasını doğru bulmadıklarını belirterek, şöyle dedi:
"Bu alan Atakum İlçesi'nde bölgedeki iki yeşil alandan bir tanesi. Buraya iki tane okul binasının yapılması buradaki yeşil alanı yok edecek ve yoğunluğu ciddi anlamda artıracağı düşüncesindeyiz. Keşke buradaki doğal yapının eski okulun olduğu haliyle kalsaydı. İl Milli Eğitim Müdürlüğü, Bakanlık görüşü alınmadan yeni bir imar değişikliğinin yapıldığını gerekçe göstererek itiraz ediyor. Gelinen noktada yargı süreci devam ediyor. Bizim görüşümüz bu alana eski haliyle eğitim kurumu olarak devam edilmemesi durumunda yeni okul binalarının, beton kütlelerinin yapılmasının planlama açısından kent açısından doğru olmayacağı yönünde. Mutlaka Büyükşehir Belediyesi de Atakum İlçesi içerisinde Tarım Anadolu Meslek ve Tarım Meslek Lisesi yapılması için uygun bir alanı tahsis yoluna gitmeli."
