Mescid-i Aksa'ya farklı birçok isim verilmiştir.
Bunlardan en önemli üç tanesi şöyle sıralanabilir:
1. el-Mescidu'l-Aksâ: "el-Aksâ" kelimesi "en uzak" anlamına gelir. Mescid-i Haram'dan uzaklığına nispetle ve Mekke'ye en uzak mescit olması itibarıyla bu adı almıştır. Bu isimlendirme, Kur'an-ı Kerîm'deki İsrâ Sûresinin 1. ayetinde de aynı şekilde geçer.
2. el-Beytu'l-Mukaddes: "Mukaddes" kelimesi, "bereketli kılınmış, temiz ve kutsal" anlamlarına gelir. İslam dünyasından birçok bilgin ve şair bu kelimeyi sıkça kullanmıştır.
3. Beytu'l-Makdis: "el-Mescidu'l-Aksâ" adlandırmasından önce, yaygın olarak bu ifade kullanılmaktaydı.
Batı duvarı, İnanca göre Muhammed Miraç yolculuğu sırasında, Burak isimli bineği bu duvara bağlamış ve Muallak taşı üzerinden göğe yükselmişti.
Miraç anlatısına göre Mescid-i Aksa Muhammed'in peygamberliğin 3. yılı, recep ayının 27. Gecesinde Cebrail eşliğinde, Burak adlı bineğe binerek Mescid-i Haram'dan yola çıkarak Mescid-i Aksa'ya ulaşır. Burak'ı duvara bağlar, peygamberlere imamlık ederek namaz kıldırır ve sonrasında farklı katlarında Adem, Yahya, İsa, Yusuf, İdris, Harun, Musa ve İbrahim peygamberlerle buluşacak şekilde göğü katederek miraca çıkar.
Osmanlılar Kudüs'e 1516 yılından 1918'e kadar hükmetmişlerdir. Kudüs'ün var olan önemi, Osmanlı idaresinde daha da artmış ve ilerleyen dönemlerde Kudüs doğrudan İstanbul'a bağlı bir mutasarrıflık haline getirilerek Kudüs-i Şerîf adını almıştır. Osmanlılar Mescid-i Aksa'nın kendisinde büyük yapısal değişikliklere gitmemişlerdir. Bunun yerine "harem-i şerif"in tamamına önemli ilavelerde bulunmuşlardır.
1516'de Mercidabık zaferiyle Memlukleri yenilgiye uğratan Yavuz Sultan Selim (I. Selim) Şam beldelerini ve Kudüs'ü ele geçirmiştir. Sultan Selim 4 Zilhicce 922 / Miladi 1516'da Kudüs'e girmiş ve şehrin alimleri kendisini karşılamaya gelerek Mescid-i Aksa ve Kubbetü's-Sahre'nin anahtarlarını ona vermiştir. Sultan I. Selim'in vefatından sonra tahta geçen, oğlu Kanuni Sultan Süleyman Kudüs'te gerçekleştirdiği inşa faaliyetlerinin yanı sıra Mescid-i Aksa'ya da önemli ilavelerde bulunmuştur. Kubbetü's-Sahre'nin tüm pencereleri ve dört kapısından üçünü yenileyen Sultan Süleyman, Silsile Kubbesi'ni restore ettirmiş, Halil Kapısı'ndaki kalenin batı tarafında bulunan Kale Camii'ne 1531 yılında bir minare yaptırmıştır. Sultan Süleyman'ın Mescid-i Aksa'da gerçekleştirdiği en etkili inşa faaliyeti, bugün Aksa Harem Bölgesinin sınırlarını oluşturan ve bir kısmı Aksa'nın surları olarak hizmet veren şehir surlarını yenilemesi olmuştur. Sultan Süleyman 300 sene boyunca duvarları yıkık bir halde bulunan surları, 5 sene içerisinde yeniden inşa ettirmiştir. İki mil uzunluğuna sahip olan surlar, yaklaşık 12-13 metre yüksekliğe sahiptir. Günümüzde bu surlar üzerinde 24 burç bulunur ve surların, bir kısmı Mescid-i Aksa'nın kapıları rolü de gören yedi ana kapısı vardır: Amud kapısı, Esbat kapısı, Meğâribe kapısı, Nebi Davud kapısı, Halil kapısı, Sahire kapısı, Yeni kapı. 1890-1900 yıllarında görünüm
1527'de harem içerisinde Kasım Paşa şadırvanı inşa edilmiştir. Ayrıca Harem dahilinde çeşitli zamanlarda yapılmış birçok kubbe, dört minare, beş sebil, çok sayıda kuyu ve sarnıç bulunmaktadır. Harem'de inşa edilen kubbelerden en önemlisi, "kubbetu'n-nebî" adı verilen ve 1538'de tamamlanan yapıdır. Ayrıca Mescid-i Aksa Osmanlı döneminde birkaç kez tamirat geçirmiştir. Kanûnî Sultan Süleyman tarafından yapılan onarımıyla ilgili kitabesi 19. yüzyılın sonlarında kaybolmuştur. Yapının 1702-1703'te Mahmud Efendi tarafından tamir edildiğini belgeleyen kitabe ise Mescid'in batısında yer alan İslam Müzesi'nde saklanmaktadır. II. Mahmud'un 1817-18 tarihli onarımına ait dört kitabeden ikisi günümüzde mevcuttur.
Osmanlı dönemi yenileme faaliyetlerinin en önemlisi Sultan Abdulaziz döneminde gerçekleşmiştir. 1874'te Kubbetü's-Sahre tamir edilmiş, Mescid-i Aksa onarılmıştır. Mescid-i Aksa'da bu dönemde yapılan tamiratın Emevi halifesi Abdulmelik b. Mervan döneminden sonra yapılan en büyük tamirat olduğu belirtilir. Bazı uzmanlar bu tamiratın Osmanlı Devleti'nin hazinesinden büyük miktarlarda saf altına mal olduğu, bunun bazıları tarafından israf sayıldığı ve sultanın tahttan indirilmesine sebep olduğu görüşündedir.[44] II. Abdulhamid tarafından halıları ve kandilleri yenilenen yapıda, 1922'den başlayarak gerçekleştirilen geniş kapsamlı son onarım çalışmasını Mimar Kemâleddin Bey yönetmiştir.
Günümüze kadar yaşanan olaylar
• 21 Ağustos 1969: Radikal bir Hristiyan olduğu belirtilen ve Yahudilerin Süleyman Tapınağı'nı yeniden inşasının Mesih'in ikinci gelişini hızlandıracağına inandığını söyleyen Denis Michael Rohan Mescid-i Aksa'yı kundaklama girişiminde bulundu.[60]
• Nisan 1980'de Meir Kahane, Mescid-i Aksa'nın bir köşesine patlayıcı madde koyarak patlatmaya çalıştı.
• 8 Nisan 1982'de bir kez daha Mescid-i Aksa'nın ana girişine patlayıcı madde yerleştirildiyse de cami görevlileri tarafından patlamadan ortaya çıkarıldı.
• 10 Nisan 1982'de Meir Kahane taraftarlarından bir grup militan, zorla Mescid-i Aksa'ya girmek istedi.
• 21 Mart 1983'te Mescid-i Aksa'ya gizli bir yoldan girmek için tünel açıldığı tespit edildi.
• 14 Ocak 1986'da Knesset üyesi bazı parlamenterler askerlerin koruması altında Mescid-i Aksa'ya girmek istediler.
• 8 Ekim 1990 tarihinde Mescid-i Aksa'ya yönelik saldırıda 30 Filistinli hayatını kaybetti, 800'e yakını yaralandı.
• 28 Eylül 2000 tarihinde Ariel Şaron çok sayıda İsrail askerinin ve polisinin koruması eşliğinde, normalde Müslüman olmayanların girişine izin verilmeyen Mescid-i Aksa'yı ziyaret etmesiyle pek çok çevre tarafından "provokasyon" olarak nitelendirildi. Filistinlilerde infial yaratıp şiddetli protesto gösterilerine neden olan "İkinci İntifada" (ayaklanma) patlak verdi ve beş yıl sürdü.[61]
• Mescid-i Aksa resmen Ürdün Evkaf Bakanlığı yönetimi altındadır. Ama İsrail Devleti Kudüs'ü ilhak ettiğini iddia ettiği için efektif yönetim İsrail devleti otoritesi tarafından yapılmaktadır. Ekim 2009 tarihinden itibaren İsrail Mescid-i Aksa'ya girişi engellemiştir. Gayrimüslimlerin (Müslüman olmayanlar) girişine İsrail devleti otoritesine göre izin verilmemektedir. Bu yasak hâlen devam etmektedir.