AK Parti Milletvekili Yalçın Akdoğan'ın "Orduya kumpas kurdular" sözü sonrası Ergenekon ve Balyoz gibi davaların yeniden yargılanması gündeme gelmişti.
 
Akdoğan'ın bu açıklaması sonrası Başbakan Erdoğan da Ergenekon ve Balyoz gibi davaların yeniden yargılanmasına sıcak baktığı ifade edilmiş ve hatta yeni Adalet Bakanı Bekir Bozdağ'a bu konuda talimat verdiği ortaya çıkmıştı.
 
Ergenekon ve Balyoz gibi darbe davalarının yeniden görülmesi tartışılırken, Ergenekon sürecinde yazılarıyla derin yapının deşifre edilmesinde önemli yazılar yazan AK Parti Milletvekili Şamil Tayyar'ın AKP'yi "Ergenekon AK Parti'ye sızmaya çalışıyor" diye bir yıl önce uyardığı ortaya çıktı.
 
Şamil Tayyar, Şubat 2013'teki açıklamasında, Ergenekon'un "AK Parti'yi kendine kalkan yaparak ya da AK Parti'nin içinde yer alarak varlığını koruma ve güçlendiği zaman siyasi idareyi alt etme mücadelesi içerisindedir.” demişti.
 
İşte Şamil Tayyar'ın bir yıl önce derin yapı ve Ergenekon'la ilgili açıklamaları;
 
“Yıllardır mücadele ettiğimiz o derin ve merkezi yapı, her ne kadar dizlerinin üzerine çökmüş gibi görünse de tümden yok edilmiş değildir. Eğer biz 12 Eylül Referandumuyla birlikte bu derin devletin tasfiye edildiğini düşünüp rehavete kapılırsak, yarın güç kaybettiğimiz anda bunlar bizim sırtımızda tepinirler. AK Parti'ye hayat hakkı tanımazlar.
 
Bu yeni süreci okuma konusunda genelde bir problem var. Sebebi ise şu; bu derin yapı 12 Eylül 2010 referandumuna kadar iktidar partisiyle, siyasi otoriteyle çatışarak ayakta kalacağını ve rakibini yok edeceğini zannediyordu. Referandumla beraber bunun mümkün olmadığını gördü. Şimdi yeni bir arayış içerisinde ve mücadele konseptini değiştirmektedir. Zannediyorum ki bizim arkadaşlarımızın bir kısmı derin devletin bu yeni konseptini yorumlamakta zorlanıyor. Bu yapı, yeni dönemde uzlaşarak ayakta kalmanın yolunu arıyor. Fakat bu teknik olarak çok da mümkün gözükmüyor. O zaman AK Parti'yi kendine kalkan yaparak ya da AK Parti'nin içinde yer alarak varlığını koruma ve güçlendiği zaman siyasi idareyi alt etme mücadelesi içerisindedir.”