İbn-i Nefis’e göre; göz organı, görmenin aleti olup, bizzat görücü olan göz değildir. Görme olayı aslında, gözde oluşan görüntülerin sinirler yoluyla beyine ulaşması sonucunda, beyindeki anlayış bölümü tarafından algılanarak meydana gelmektedir.
Göz, bizzat hareket etmez, ona bağlı olan sinirler aracılığıyla hareket eder. İki gözden gelen bu görüntüyü taşıyan sinirler beyinde birleşirler.
İbn-i Nefis göz hastalıklarını da incelemiş, iltihaplanmaların tedavi usullerini ve ilâçlarını belirlemiştir.
İlâç olarak kimyevî maddeler yerine daha çok taze ve doğal gıdaları kullanmıştır.
İbn-i Nefis tıp alanında Hipokrat’ın eserlerini Câlînûs’a (Galen) tercih etmiş, ancak asıl ilgisini hayranı olduğu ve aynı zamanda tıptaki otoritesini aşmaya çalıştığı İbn Sînâ üzerinde yoğunlaştırmıştır; nitekim döneminde “ikinci İbn Sînâ” olarak anılması bu çabasının bir sonucu olup, hatta ilâçlar konusunda İbn-i Sina’yı çok geride bırakmıştı.
İbn-i Nefis’in Kitâbü’ş-Şâmil fi’ṣ-ṣınâʿati’ṭ-ṭıbbiyye adlı eserinde ameliyat tekniği üzerine ayrıntılı bilgiler vermiş, aynı zamanda başarılı bir cerrah olduğunu ıspatlamıştır.
İbn-i Nefis’e göre her ameliyat üç aşamadan meydana gelmektedir:
Birinci aşama muayene ve teşhistir.
İkinci aşama, operasyondur.
Üçüncü aşama, ameliyat sonrası bakımdır.
Bunların her üçünde de hasta, cerrah ve hasta bakıcının dikkat etmesi gereken hususlar ayrıntılarla tasvir edilmiştir.
Aynı zamanda ortopedi branşının da kurucuları arasında yer almıştır. Tıpla ilgili eserlerinin yanında usûl-i fıkıh ve mantık alanlarında çok kıymetli eserler vermiştir.