Eğitim, hayır işleri, sosyal dayanışma ve sivil itaatsizlik gibi yöntemlerle toplumu bilinçlendirmeye yönelik çalışmalar yaptı. İhvan’ın karşılaştığı siyasi baskılar, uluslararası müdahaleler ve dönemsel güç dengeleri, zamanla yöntem ve ideallerinin değişmesine neden oldu.
Mısır’da İhvan’ın büyümesi ve etkisi arttıkça Mısır Krallığı ve onu destekleyen İngiliz rejimi, Müslüman Kardeşler hareketini bir tehdit olarak görmeye başladı. 1940’lı yıllarda İhvan üyelerine yönelik baskılar, tutuklamalar ve işkenceler arttı. 1949’da kurucu Hasan el-Benna’nın suikastla öldürülmesi, sivil direnişin tıkandığını gösterdi. 1952’de Cemal Abdül Nasır liderliğinde Hür Subaylar Hareketi bir darbe yaptı ve Mısır’daki krallık rejimi sona erdi. Nasır rejimi de kısa sürede İhvan’ı hedef aldı. Binlerce İhvan üyesi hapsedildi veya idam edildi. Bu baskılar, İhvan’ın içinde şiddeti meşru gören daha radikal unsurların doğmasına yol açtı. Seyyid Kutub gibi ideologlar, silahlı direnişi savunan fikirler geliştirdi.
