Soyu 15. Batında Hz. Ebubekir (ra) dayanan Akşemseddin’in babası Şeyh Hamza, Şam diyarından o zamanlar Amasya’nın nahiyesi olan Kavak ilçesine yerleşir. Şam diyarından geldğiği için kendisine Şerefaedin-i Hamza Şâm’i olarak şöhret kazanır. Akşsemddin, Kavak ilçesine yerleştiklerinde henüz 7 yaşındaydı.
Molla Akşemseddin, Hacı Bayram-ı Veli’nin halifesi, mikrobu ilk keşfeden alim ve Fatih Sultan Mehmed’in manevi üstadıdır.
Akşemseddin’in biyografisi wikipedia kayıtlarına göre ise şöyle:
1389 yılında Osmancık'ta doğmuştur. Daha sonra 7 yaşında babası Şerafeddin-i Hamza Şâmî ile çağımızda Samsun'a bağlı olan Kavak'a yerleşmişlerdir. Hacı Bayram-ı Veli’nin müridi ve Fatih Sultan Mehmet’in hocalarındandır[kaynak belirtilmeli]. İstanbul'un manevi fatihi olarak da anılır. Saçının ve sakalının ak olması ve beyaz elbiseler giymesinden dolayı Akşeyh veya Akşemseddin adlarıyla meşhur olmuştur. İskilip'te çocuklarından Nurulhuda'nın türbesi ile diğer yakınlarının mezarları vardır. Evlik köyünde bir cami yaptırmıştır. Akşemseddin Amasya'da medreselerden eğitim aldıktan sonra büyük üne kavuşmuştu.
Akşemseddin, küçük yaşlardan itibaren bilime ve sanata karşı ilgi duydu. İlim tahsilini tamamladıktan sonra, Osmancık'ta müderris oldu. Medrese öğrenimini zamanın büyük velisi Hacı Bayram-ı Veli'nin yanında tamamladıktan sonra seçkin bilginler arasında yerini aldı. Üstün zekası ve anlayışı, yılmak bilmeyen çalışma gücüyle kendini kitaplara adadı. Başta İslami bilimler olmak üzere tıp, astronomi, biyoloji ve matematikte zamanın ünlülerinden oldu. Uzun yıllar Osmanlı medreselerinde çalışarak yüzlerce öğrenci yetiştirdi. Tıp alanında bulaşıcı hastalıklar üzerinde de önemli çalışmalar yaptı. Araştırmaları sonunda tıp ile ilgili Türkçe yazdığı Maddet-ül Hayat ve Arapça yazdığı Hall-i Müşkilât ve Risalet-ün Nuriyye adlı Tasavvuf kitapları, bilinen eserleridir.Tıp ile ilgili Türkçe yazdığı Maddet-ül Hayat'ta geçen "Hastalıkların insanlarda teker teker peyda olduğunu zannetmek yanlıştır.Hastalıklar insandan insana gözle görülmeyecek kadar küçük tohumlar vasıtasıyla geçer" cümlesi ile ilk mikrop teorilerinden birini ortaya atmıştır. Tarihte mikroorganizmalardan bahseden ilk kişidir ve Mikrobiyolojinin babası sayılmaktadır.
Akşemseddin'in asıl ünü, büyük veli, Hacı Bayram Veli ile tanışmasından sonra başlamıştı. İlmi konulardaki önemli başarılardan sonra tasavvuf konusunda da ağırlığını göstermiş, daha sonra da II. Murat'ın emir ve isteğiyle Fatih Sultan Mehmet'in hocalığına tayin edilmişti. II. Mehmed'e danışmanlık yaparak İstanbul'un fethine katkıda bulunmuştur ve bu şekilde onun takdirini kazanmıştır. Fetih sırasında Ebu Eyyûb el-Ensarî'nin kabrini keşfetmesi, Osmanlı ordusunun moralini yükseltmiştir[kaynak belirtilmeli]. Padişahla İstanbul'a girişi hikaye olarak yazılmıştır.
