II. Selim döneminde Ayasofya Camisi için Mimar Sinan görevlendirilir. Ve Cami ile çevresi çok geniş kapsamlı bir tamir, tahkim ve tadilattan geçirilir. Geniş bir çevre düzenlemesi yapılır. Dördüncü minare de III. Murat’ın Padişahlığı döneminde Mimar Sinan tarafından yapılır. 1608 yılında Mimar Dalgıç Ahmet Ağa tarafından çok geniş kapsamlı bir iyileştirme çalışmasının yapıldığı bilinmektedir. 1739 yılında ise Sultan I. Mahmut tarafından Ayasofya’da, okuma salonu ve kitapların saklandığı bölümlerin bulunduğu büyük bir kütüphane yaptırılmıştır. Buradaki beş bin adet kitap 1968 yılında Süleymaniye Kütüphanesine devredilmiştir.
1743 yılında yine Sultan I. Mahmut tarafından fakir ve kimsesizlere yemek dağıtılması amacıyla caminin kuzeydoğu tarafına bir imarethane yaptırılmıştır. 1847 yılında ise Sultan Abdülmecid tarafından büyük bir tamirat çalışması başlatılmış ve caminin kuzey tarafına da bir medrese inşa ettirilmiştir. 1894 yılında meydana gelen deprem sırasında Ayasofya Camisi önemli oranda hasar görmüş, 1895 yılında ise Sultan II. Abdülhamit’in emriyle yeniden elden geçirilmiştir. Ayasofya Camisi müze haline getirildikten sonra da farklı zamanlarda restorasyon çalışmaları yapılmıştır.
1 Haziran 1453 tarihinde bir Cuma günü ibadete açılarak, 481 yıl süre ile kesintisiz bu kutsi vazifeyi yerine getiren ve İstanbul’un İslamlaşmasının bir nişanesi hükmüne geçen Ayasofya Camisi’nin, 24 Kasım 1934 tarihli bir kararname ile camiden müzeye dönüştürülmesi konusu, bugün bile bütün yönleriyle aydınlatılmamıştır.
Ayasofya’nın Cami olmaktan çıkarılıp müzeye dönüştürülmesi konusunun Lozan’da konuşulduğu ve bununla ilgili bir karar alınarak gizli maddeler arasına konulduğu hususu, bugüne kadar çok sayıda kişi tarafından bir iddia olarak ortaya atılmıştır. Ancak konu ile ilgili olarak meselenin esas içyüzü, bugüne kadar net bir şekilde aydınlatılamamıştır.
Başbakan İsmet İnönü’nün teklifi ve Cumhurbaşkanı Kemal Atatürk’ün onayı ile verilen müzeye dönüştürme kararı, ancak 1 Şubat 1935 tarihinden itibaren yürürlüğe girmiştir. Bu kararnamenin sahte olduğuna dair birçok husus da, halen konuşulmaya devam edilmektedir. Zaten Ayasofya Camisinin imam kadrosu hiçbir zaman lağvedilmemiştir ve bugün bile kadrolu imamı mevcuttur.
Ayasofya Camii'nin müzeye çevrilmesi konusundaki Vakıflar Genel Müdürlüğü’nün 04.11.1934 tarih ve 94041 sayılı teklifinde ‘’Şark âlemini sevindirmek ve beşeriyete yeni bir ilim müessesesi kazandırmak için müzeye çevrilmesi’’ teklif edildiği belirtilmekte ise de, Genel Müdürlüğün böyle bir yetkisi bulunmamaktadır.
Ayasofya’nın cami iken müzeye çevrilmesi ile ilgili olarak alındığı söylenen kararnamenin de sahte olduğu konusunda ciddi şüpheler mevcuttur. Zaten vakıf malı olarak tescil edilen bir mülkün, bu şekilde bir tasarrufa tabi kılınması da hukuki olarak mümkün değildir. Bu kararnameye atılan ‘Atatürk’’ imzasının da şekli, bu kuşkuları kuvvetlendiren başka bir delil olarak araştırmacılar tarafından ifade edilmektedir.
Ayrıca Soyadı Kanunu yürürlüğe girmeden üç gün önce, bu kararnameye atılan ‘’Atatürk’’ imzasının da hukuki olarak geçerli olmadığı ifade edilmektedir. Soyadı Kanunu, 27 Kasım 1934 tarihli Resmi Gazete ’de yayınlanarak yürürlüğe girmiştir. Ayrıca bu kararın, Resmi Gazete ile Mevzuat dergisinde yayınlanmamış olması da, bu konudaki kuşkuları güçlendirmektedir.
